Много внимания уделил камню среднеазиатский ученый-энциклопедист Бируни. В трактате «Собрание сведений для познания драгоценностей» (1048) он отверг мнение персидского ученого Хамзы, считавшего, что янтарь — это сорт бус, плавающих в Средиземном и Каспийском морях. Бируни пишет, что это не так — в обоих морях не видно трав и жучков, подобных тем, которые есть в смоле янтаря. К тому же, подчеркивал ученый, это не готовые бусы, а куски, из которых после вышлифовываются бусы и другие изделия. Бируни принимал самоцвет за растекшуюся по земле и медленно застывавшую древесную смолу. Именно по этому, считает он, в самоцвете находят то, что в него попадает из насекомых и пр. Бируни, пожалуй, одним из первых увидел различия между янтарем и янтареподобной ископаемой смолой — копалом, отметив различную температуру плавления этих веществ. И все же ученый ошибался, принимая камень за смолу современных деревьев.
В средние века существовали представления о янтаре как о специфическом земном жире, морской пене, застывшей в солнечном свете; о нефти, затвердевшей на дне моря; об окаменевшем жире неведомых рыб; о застывших слезах райских птиц; о затвердевших и рассыпавшихся в морской воде лучах солнца; о закаменевшем газе... К XVI в. интерес к камню резко возрос. Но происхождение его все еще толковалось по-разному.
Немецкий ученый Г. Агрикола источником янтаря считал жидкие битумы, выделяющиеся из морского дна по разломам и затвердевающие на воздухе. Агрикола насмехался над взглядами Тацита, считая их фантазией, и вообще отрицал все, что было известно о самоцвете в античные времена. Заблуждения Агриколы оказали влияние на взгляды его современников.
А. Аурифабер — автор первой книги о янтаре (1551) —также принимал его за ископаемое битуминозное вещество, изменяющее консистенцию при вытекании из недр Земли. Он не видел разницы между янтарем и гагатом.
Этого заблуждения не избежал и его современник X. Энцелиус, считавший источником обоих веществ нефть.
За битум, вытекающий со дна моря по трещинам, принимал янтарь и голландский исследователь А. Кирхер. Всплывая на поверхность, камень якобы разносился по морю и выбрасывался волнами на берег.
Итальянский ученый А. Цезальпинус считал самоцвет застывшей живицей, попавшей в водную среду и разносимой с помощью волн вдоль берега.
Немецкий ученый Ф. Я. Гартман принимал ископаемую древесину и янтарь за жильные образования. В 1677 г. он издал весьма обстоятельную монографию о янтаре.
Итальянский исследователь П. Боккони считал самоцвет нефтью, затвердевшей в морской воде.
Г. Лудольф пришел к заключению, что янтарь состоит из смеси каменного масла, серной кислоты и мочевины. Первые два вещества образуются в недрах Земли; выделяясь по трещинам на дне моря, они позже попадают в воду, где соединяются с мочевиной продуктом разложения морских организмов. Смесь всплывает на поверхность; выброшенная позже на берег, она окончательно затвердевает и превращается янтарь.
Итак, вопрос сводился в основном к двум гипотезам: об органическом и неорганическом происхождении самоцвета.
Решающее значение для дальнейшего развития представлений об органическом происхождении янтаря имели труды М. В. Ломоносова «Слово о рождении металлов от трясения земли» (1757) и «О слоях земных» (1761). Ученый опроверг доводы сторонников противоположной гипотезы и доказал растительное происхождение камня. В подтверждение своих взглядов он приводит значения плотностей янтаря и смолы хвойных деревьев, близкие между собой, а также то обстоятельство, что вода, выделенная из янтаря, пахнет гарью (а это присуще только растительным веществам). К тому же, отмечает Ломоносов, янтареносные слои Германии и других стран содержат полуистлевшие остатки «трухлого» дерева и бурый уголь (лигнит). А в самом янтаре находятся насекомые, пауки и другие мелкие животные вместе с листочками и ветвями растений. Идеи ученого позволили с новых позиций рассмотреть происхождение янтаря. К сожалению, они не были оценены должным образом, не только современниками, но и учеными более позднего времени.